Bilder från Rwanda visar hur lerigt vatten sveper över gator och förstör hus i sin väg.
– Vår prioritet är att nå varje bostad som har skadats för att rädda eventuellt instängda människor, säger François Habitegeko, guvernör i Rwandas västra provins, till Reuters.
Han tillägger att regnet tog vid på tisdagskvällen och att floden Sebaya översvämmats.
Sammanlagt räknar man att 109 personer dött i den västra och norra provinsen.
Översvämningar även i grannlandet
Även sex personer ska ha omkommit natten till onsdag i grannlandet Uganda nära gränsen till Rwanda, enligt Röda korset.
Uganda har upplevt kraftiga och ihållande regn sedan slutet av mars och översvämningarna har fördrivit hundratals människor. De senaste dagarna har även flera jordskred rapporterats.