Över 30 fångar dödades i sammandrabbningar och ytterligare skadades, enligt landets polischef Bernardino Rafael.
Rymningen inleddes sedan en "subversiv grupp börjat agitera" inne i fängelset, sade polischefen på annandagen, och lade till att 29 av dem som flytt var "dömda terrorister". En grupp fångar kunde stjäla vapen från fångvaktare och fritog sedan ytterligare fångar.
Politiska oroligheter skakar Moçambique med över 100 döda i sammandrabbningar den senaste veckan. De växande protesterna rör missnöje med valutgången den 9 oktober då partiet Frelimos kandidat segrade i presidentvalet. Valutgången har nu fastslagits av landets högsta domstol.
Myndighetsbyggnader och polisstationer har attackerats och stuckits i brand de senaste dagarna i regimkritiska protester.