Det är invånare i Uralbergen, Sibirien och områden i Kazakstan nära floderna Ural och Tobol som tvingats evakueras.
Ryska staden Orenburg har förklarats som katastrofområde och över 10 000 hem har översvämmats.
Värsta på över 70 år
Enligt lokala tjänstemän ska floderna har stigit med drygt en meter på några timmar, rapporterar Reuters. Nyhetsbyrån kallar det för de värsta översvämningarna i området på minst 70 år.
Officiella kanaler säger att Uralfloden byggts för att klara en vattennivå på 5,5 meter. Under onsdagsmorgonen rapporterades det från Orenburg om 9,6 meter.
– Jag uppmanar till försiktighet och att de i översvämmade distrikt ska evakuera omedelbart, skrev den regionala guvernören Denis Pasler på Telegram.
Under fredagen fick vattenmängderna en banvallsdamm i staden Orsk att brista. Den ryska nyhetsbyrån Tass skriver att detta fick hundratals människor att samlas utanför det lokala styret och demonstrera.
”Skäms” hörs skanderas på videor som sprids på sociala medier.
Oljeraffinaderiet förklarade under onsdagens ”force majeure” på bränsleförsörjning.
Gnagare beskylls
På videor hörs de drabbade Orskborna klaga över bristen på förnödenheter:
– Vi har inget vatten. De skulle enkelt kunna fixa nåt temporärt. När Krim blev ryskt fixade man vattenledningar dit men här gör man inte det. Ska vi bryta oss loss från Ryssland för att få hjälp? Alla andra får hjälp förutom vi själva, säger uppgivna invånare på filmer från platsen.
Kreml sa under onsdagen att väderleksrapporten ser ogynnsam ut, att vattnet fortsätter stiga och att vattenmängderna rör sig mot fler regioner. Putin ska hållas informerad om situationen.
Sammanlagt ska 100 000 evakuerats i området de senaste två veckorna. Det finns inga rapporter om dödsfall eller skadade.
Sergej Komarov, chef för byggfirman bakom dammen i Orsk, säger till ryska Pervij kanal att orsaken bakom dammkollapsen är gnagare.
