Rabbinens kropp återfanns i Förenade arabemiraten, enligt ett uttalande från Israels utrikesdepartement och premiärminister Benjamin Netanyahus kansli.
I uttalandet uppges att Zvi Kogan mördats. Israel kallar det en ”avskyvärd antisemitisk terrorakt”.
”Staten Israel kommer att agera med alla medel för att skipa rättvisa gentemot de kriminella som är ansvariga för hans död”, lyder uttalandet.
Det är ännu oklart vad som hänt, men Israel har tidigare pekat ut försvinnandet som en möjlig terrorhandling.
Efter försvinnandet i torsdags rapporterade israeliska medier att Zvi Kogan misstänktes ha blivit kidnappat eller mördad, enligt israeliska säkerhetstjänster. Enligt den israeliska nyhetssajten Ynet hittades hans bil i en stad 15 mil från hans hem.
Misstankarna riktades då mot Iran, som har genomfört kidnappningar i Förenade arabemiraten tidigare.
Zvi Kogan hade bott och arbetat i Abu Dhabi sedan Förenade arabemiraten och Israel normaliserade sina relationer i slutet av 2020.
Förenade arabemiraten har ännu inte kommenterat det inträffade.