Det är en utredning liknande den som gjordes i Ferguson, Missouri där 18-årige Michael Brown sköts ihjäl av polis.
I bägge fallen är det unga svarta män som dödats.
Beslutet har tagits av nya justitieministern Loretta Lynch. Syftet med utredningen är att ta reda på om det finns ett systematiskt och bestående mönster av tjänstefel inom poliskåren. Den fokuserar däremot inte på det enskilda fallet, som sköts av en federal brottsutredning.
Baltimores borgmästare Stephanie Rawlings-Blake välkomnar utredningen:
– Vår stad gör stora framsteg i att reparera den skadade relationen mellan polisen och samhället, men större reformer behövs och vi kommer inte att skygga för att anta dessa utmaningar.