Händelsen inträffade i augusti i fjol och är den tredje liknande incidenten som italienska åklagare velat åtala Salvini för.
Under sin 14 månader långa tid som inrikesminister stoppade Salvini vid flera tillfällen fartyg med räddade migranter från att gå i land.
Matteo Salvini själv har tidigare sagt att han uppmuntrar att frågan prövas i rätten och säger att premiärminister Giuseppe Conte stöttade hans beslut att hindra migranterna från att gå i land.
Han menar också att hans beslut att stoppa båtar satte press på andra EU-länder för att de skulle gå med på att ta emot migranterna.