Lee själv, som är frihetsberövad och misstänks för bland annat bestickning, förskingring och mened, var inte närvarande.
Ytterligare fyra Samsunghöjdare har åtalats i härvan, där den avstängda presidenten Park Geun-Hye och hennes nära vän och rådgivare Choi Soon-Sil står i centrum.
– Alla nekar till alla anklagelser, sade en försvarsadvokat under domstolsförhören.
Lee Jae-Yong är son till Samsungs styrelseordförande och i praktiken den som leder företaget, efter faderns hjärtinfarkt 2014.
Han och de andra misstänks ha betalat motsvarande hundratals miljoner kronor till Choi Soon-Sil, i utbyte mot politiskt stöd.
Fakta: Mutskandalen
Presidenten Park Geun-Hye och hennes vän Choi Soon-Sil står i centrum för skandalen.
Choi Soon-Sil anklagas för att ha använt sina band till presidenten för att tvinga företag att donera hundratals miljoner kronor till stiftelser där hon har kunnat ta ut pengar.
Samsung var den största bidragsgivaren. Donationer ska ha gjorts för att få regeringens stöd.