Det var i samband med ett ingripande i staden Hebron på Västbanken som soldaten sköt en skadad man som låg på marken i huvudet. Palestiniern hade tidigare knivhuggit en israelisk soldat, som fick lindriga skador, enligt den israeliska militären.
Den nu åtalade soldaten var inte på plats under knivattacken, utan dök upp senare. 19-åringens försvarare hävdar att han trodde att den palestinske mannen hade sprängmedel på sig.
Fallet har fått stor uppmärksamhet i Israel. Högt uppsatta militärer har fördömt 19-åringens agerande, medan politiker på högerkanten påstår att han blivit orättvist behandlad.
I april demonstrerade tusentals personer till stöd för 19-åringen.