Expresidenten al-Bashir, som styrde Sudan i 30 år, kommer att åtalas för korruption, och för att olagligen ha utlyst undantagstillstånd vid protesterna mot hans styre tidigare i år.
Sedan al-Bashir avgick i april har ett militärråd styrt Sudan, samtidigt som förhandlingar om en övergång till civilt styre pågått med representanter för demonstrationsrörelser.
Minst 100 döda
Förra veckan brakade samtalen samman mellan militärstyret och demonstrationsrörelserna sedan militären försökt skingra en sittprotest utanför militärens högkvarter i huvudstaden Khartum. Minst 100 demonstranter dödades då.
Militären erkänner nu att syftet med aktionen var just att upplösa demonstrationen, något man tidigare förnekat.
– Vi gav order till våra befäl att hitta ett sätt att upplösa protesten. Men vi ångrar att det begicks misstag, säger en talesperson för militärrådet.
Utredning och gripanden
Militärrådet uppgav också att händelsen nu ska utredas och att flera officerare gripits efter aktionen mot demonstranterna.
Förhandlingarna mellan militären och demonstranter har nu återupptagits, och proteströrelsen har dragit tillbaka sin uppmaning till civil olydnad.
Såväl Etiopien som USA har försökt medla i förhandlingarna, och USA utsåg nyligen ett särskilt sändebud till Sudan.