De preliminära valresultaten, som inte innefattar omkring 900.000 poströster, visar att högerpopulisten Hofer har fått 51,9 procent mot 48,1 procent för den oberoende kandidaten Van der Bellen, rapporterar Reuters med hänvisning inrikesdepartementet.
Poströsterna motsvarar enligt AFP nästan 14 procent av de 6,4 miljoner väljare som har rösträtt.
Resultat väntas först i morgon
För första gången sedan andra världskriget slogs de två etablerade partierna, Socialdemokraterna och det konservativa Folkpartiet, ut ur presidentvalskampanjen.
Anledningen är ett växande missnöje med det politiska status quo som rått i österrikisk politik, det har sedan spätts på med det gångna årets flyktingpolitik.
Österrike regeras just nu av dessa två partier, Socialdemokraterna och Folkpartiet, som är i koalition med varandra.
Det slutgiltiga valresultatet väntas dröja till i morgon