Minst 34 människor dödades och omkring 80 skadades när polisen i torsdags öppnade eld mot strejkande gruvarbetare.
-Vi måste avslöja sanningen om vad som hände här, sade Zuma på fredagen, och tillade att kommissionen ska fastslå ”den verkliga orsaken” till våldet så att ”nödvändiga lärdomar” kan dras.
Fredliga protester är, enligt Zuma, en ”hörnsten i en svårvunnen demokrati”.
Rivalitet mellan det nybildade fackförbundet AMCU och det gamla gruvarbetarförbundet NUM anses ha spätt på våldet. AMCU, som ses som betydligt mer radikala än NUM, har vunnit mark med sina krav på höjda löner i ett klimat där förbättringarna i levnadsstandard sedan slutet av apartheid anses alltför små.
I Marikana lade 3 000 gruvarbetare ner arbetet i fredags förra veckan i ett försök att knuffa upp lönerna från 4 300 kronor till 10 000 kronor i månaden. Spänningen ökade under de följande dagarna när AMCU:s ordförande sade att medlemmarna var redo att ”dö här”.
Lönekraven har eldats på av framgångarna efter en strejk vid en annan platinagruva, som resulterade i en ökning på 125 procent. Men även under den strejken dödades tre personer och en attack mot ytterligare en platinagruva krävde ytterligare tre dödsoffer.
Spänningarna till trots har polisens våldsamma respons väckt ett ramaskri i Sydafrika och fackförbunden beskriver situationen som en belägring av polisens styrkor.
-Våra medlemmar har attackerats och det kan inte sägas vara sammandrabbningar eller rivalitet, det är ren brottslighet, sade Frans Baleni, ordförande för NUM, till CNN.
Förutom den nationella utredning som tillsatts av Zuma undersöks händelserna av en myndighet för utredning av polisfrågor, uppger AFP. Utredningen ska enligt myndigheten slå fast om polisen agerade ”proportionellt” genom att skjuta mot en folkmassa beväpnad med machetes, spjut och klubbor.
Inget våld har rapporterats sedan i torsdags då de dramatiska bilderna kablades ut.
Polisens pådrag vid gruvan har minskats ordentligt, men helikoptrar flyger fortfarande över området och nära platsen för blodbadet står flera bepansrade fordon.
Fackförbundsledare manar till lugn i förhoppningen om att lätta på spänningen mellan de båda rivaliserande förbunden.
Lonmin är världens tredje största platinaproducent. Merparten av bolagets 28 000 anställda arbetar vid den drabbade gruvan, och omkring 23 procent är medlemmar i AMCU, enligt CNN.