Yoon utreds med anledning av att han i början av december utlyste undantagstillstånd, vilket kastade in Sydkorea i politiskt kaos.
Den gemensamma utredningsgruppen – bestående av bland annat polis, en antikorruptionsmyndighet och försvarsdepartementet – meddelade på måndagen att de ansökt om en arresteringsorder eftersom Yoon vid tre tillfällen ignorerat kallelser om att inställa sig till förhör.
Det är dock fortsatt osäkert kring huruvida utredningsgruppen kan verkställa gripandet, eftersom Yoons säkerhetstjänst tidigare har blockerat husrannsakan i såväl Yoons residens som hans kontor. Det motiverades med att en husrannsakan kan påverka den militära säkerheten.
Yoon Suk-Yeol har som president immunitet från brottsåtal, men det privilegiet sträcker sig inte till anklagelser om uppror eller förräderi.
Oh Donh-Woon, chef för utredningsgruppen, har tidigare sagt att en av domstol utfärdad arresteringsorder inte kan stoppas rent juridiskt av presidenten.
Yoons presidentmakt har tagits ifrån honom efter att nationalförsamlingen den 14 december röstade för att ställa honom inför riksrätt. Den processen drivs av konstitutionsdomstolen, som ska avgöra om Yoon ska avsättas eller återinsättas som president.