Avtalet gör det möjligt för medborgare från Kosovo att resa fritt inom Schengen. Men oppositionspartiet Vetëvendosje menar att landet förlorar mark genom avtalet.
För att stoppa omröstningen kastades tårgasbehållare i parlamentet. Flera ledamöter tog på sig gasmask och salen fick utrymmas.
Omröstningen genomfördes sedan och avtalet röstades igenom.