William Anders flög planet själv när det kraschade i vattnet under fredagen.
Hans son, Greg Anders, bekräftade dödsfallet för AP.
– Familjen är förkrossad. Han var en bra pilot och vi kommer sakna honom oerhört, sa Greg Anders, rapporterat AP.
Han blev 90 år gammal.
Anders var med på Apollo 8, där han under resan tog en bild av jorden som skulle bli ikonisk. Det var den första färgbilden av planeten från rymden.
En krater på månen är döpt efter astronauten.