Minst 18 människor i byn ska ha dödats i attacken före gryningen. En pakis- stansk regeringstjänsteman uppgav att byn var tillhåll för al-Zawahiri.
Om anfallet dödade al-Zawahiri är oklart. De pakistanska myndigheterna ska försöka utreda hans öde, skriver AFP. Underrättelsekällor i USA uppgav att CIA stod bakom angreppet.
Förnekar al-Qaida-samröre
Några omedelbara officiella kommentarer om en eventuell CIA-inblandning fanns inte från vare sig USA eller Pakistan.
Från pakistanskt regerings- och militärhåll bekräftades endast explosioner i en by i en avlägsen trakt.
Byborna förnekade för en AP-reporter att de har med al-Qaida att göra. De sade att de begravt minst 15 barn, kvinnor och män. En läkare uppgav att minst 17 människor dödats.
Både bin Ladin och al-Sawahiri gäckar amerikanerna, sedan USA inlett sitt krig mot terror efter 11 september-angreppen 2001.