Offret hittades utanför ön Naxos och myndigheterna uppskattade sent på lördagen att barnet, som var 85 centimeter lång, var ungefär tre år gammal.
Kroppen kommer att föras till Pireus, en hamn i huvudstaden Aten, för rättsmedicinsk undersökning.
Under torsdagen hittades fyra andra kroppar som tillhörde en man, en kvinna och två yngre flickor, tre utanför Naxos och en utanför den närliggande ön Paros.
Olyckorna i december
Det var den 22 december som den första olyckan inträffade. Då räddades 12 personer från en gummibåt, utanför ön Folegandros sydost om Aten, där alla tros ha varit från Irak. Tre drunknade män återfanns, men överlevande menar att minst 17 andra saknas från den händelsen.
Två dagar senare räddades 41 personer efter att en segelbåt med cirka 80 migranter välte nordväst om Paros.
Över hundratusen asylsökande korsade Medelhavet 2021
I takt med att Grekland skärpt patrulleringarna utanför sina östra Egeiska öar, nära den turkiska kusten, har smugglare baserade i Turkiet alltmer packat yachter med migranter och flyktingar för att föra mot Italien.
År 2021 korsade fler än 116 000 asylsökande Medelhavet för att nå EU-länder, uppger FN:s flyktingorgan UNHCR. Byrån sa att 55 procent reste illegalt till Italien, 35 procent till Spanien och sju procent till Grekland, medan resten var på väg till Malta och Cypern.