Stone döms för att ha ljugit för kongressen och för att ha manipulerat vittnen i utredningen om rysk inblandning i det amerikanska valet 2016.
Han fälldes redan i november för flera olika brott, men straffet meddelades först på torsdagen.
– Han åtalades inte, som vissa har påstått, för att ha stått upp för presidenten, han åtalats för att ha mörklagt åt presidenten, sade domaren Amy Berman Jackson när hon meddelade domen.
Trump ingrep i processen
Beskedet kom efter en dryg veckas hätsk debatt som började med att president Trump angrep åklagarna i fallet på Twitter och hävdade att deras krav på på sju-nio års fängelse för Stone var ”mycket orättvist”.
Justitieminister William Barr tog därefter avstånd från rekommendationen, vilket fick samtliga åklagare att avgå i protest.
Distriktsdomaren Amy Berman Jackson sade när hon meddelade domen att Stones brott motiverar ett flerårigt straff, men att kravet på sju-nio år var överdrivet.
Försvaret hade yrkat på att den 67-årige Stone skulle dömas villkorligt, detta av hänsyn till hans ålder, hans hälsa och det faktum att han inte är straffad tidigare.
Roger Stone och domen mot honom
Roger Stone har länge varit verksam som konservativ politisk lobbyist i Washington. Han arbetade för Richard Nixons återval till presidentposten 1972 och har en tatuering av Nixons ansikte mellan skulderbladen.
Han är mångårig vän och informell medarbetare till Donald Trump. Redan på 1990-talet hjälpte han Trump i lobbyarbetet för hans kasinon.
Stone greps i januari 2019 som ett led i Robert Muellers utredning om rysk inblandning i amerikansk politik.
Han döms nu bland annat för att ha ljugit under ed i kongressen fem gånger när han förhördes om Muellers utredning.
Förhören gällde hans kontakter med nätverket Wikileaks, som publicerade tusentals e-brev som läckts från Demokraterna inför presidentvalet 2016. Säkerhetsexperter har lagt skulden för läckan på ryska hackare.
Enligt åtalet trodde Trumpkampanjen att Stone skulle få fram nyttig information via sina kontakter med Wikileaks, men enligt det amerikanska public service-bolaget NPR misslyckades hans försök.
Han döms ändå för att ha ljugit för kongressen, dels om kontakterna med Wikileaks, dels om att Trumps kampanj kände till saken. Han döms också för att ha försökt få ett annat vittne, vännen och radioprataren Randy Credico, att hålla tyst. Till bevisningen hör e-post där Stone hotar att döda Credico och att ta ifrån honom hans hund, skriver Politico.