Advokaten Alegre representerar det liberala partiet PLRA, som del av en bredare mitten-vänsterkoalition. Det är andra gången på raken som han förlorar mot en kandidat från det konservativa Coloradopartiet, efter att han förlorade mot den sittande presidenten Horacio Cartes 2013.
Denna gång vann Mario Abdo Benitez, som bland annat är son till en av den tidigare paraguayanske diktatorn Alfredo Stroessners närmaste medarbetare. Han vann med drygt 46 procent — mot Alegres drygt 42.
Internationella observatörer som var på plats vid söndagens val har inte rapporterat några stora problem.