Tyfonen, som vid ett tillfälle intensifierade till en kategori 5-storm, (högsta klassificeringen) störtade telefon- och elledningar, skadade byggnader och fördrev hundratusentals människor från sina hem när den passerade genom den västra delen av Visayas och fastlandet Palawan.
Nu har den försvagats efter att ha korsat bergen i Visayas, berättar meteorologen Aldzar Aurelio till radiokanalen DZBB under fredagsmorgonen.
På lördagen hade minst 33 personer bekräftats omkommit.
Rai, som skapade vindar på upp till 54.27 m/s innan han slog i land på torsdagen, har nedgraderats till en kategori 3-storm, enligt Tropical Storm Risk. Den förväntas lämna fastlandet via Palawan-provinsen och röra sig bort från Filippinerna tills lördag.
Över 300 000 människor tvingades lämna hem och turistanläggningar när tyfonen dundrade in över den populära turistön Siargao i torsdags med vindar på 54 meter per sekund, skriver TT.
18 000 personer hjälper till med räddning
Hjälparbetare vittnar om förödelse på flera öar där ovädret svept förbi.
– Informationen vi får och bilderna vi får är väldigt alarmerande, säger Alberto Bocanegra, vid Röda korset och Röda halvmånen i Filippinerna.
Militären, polisen, kustbevakningen och räddningstjänsten, tillsammans över 18 000 personer, ska hjälpa till med räddningsarbetet i de värst drabbade område, berättar Mark Timbal, som är talesperson för den nationella katastrofmyndigheten.
En supertyfon motsvarar det som i Atlanten klassas som en orkan av kategori 5, den högsta klassen på skalan.
Se klipp på hur människor evakuerades när Rai slog till.