Det var klockan 04.30 lokal tid på onsdagen som kontakten bröts med u-båten Kri Nanggala 402, 9,5 mil norr om ön Bali i Indonesien.
Ubåten, som ingick i en militärövning, skulle repetera inför en skarp torpedövning när befälet bad om att få dyka.
Enligt Indonsiens försvardepartement gavs tillstånd – efter det förlorades kontakten.
Under onsdagen har en massiv sökinsats pågått. Enligt landets militärchef Hadi Tjahjanto har flera fartyg mobiliserats i området.
Landet har även vänt sig till Singapore och Australien, som har räddnings-ubåtar, för hjälp. Också Indiens försvarsdepartement har kontaktakts, enligt Reuters.
Påträffat oljespill
En helikopter påträffade under dagen oljespill på havsytan vid positionen där ubåten senaste lokaliserats. Men på onsdagskvällen hade ubåten ännu inte hittats.
Indonesiens militär har sagt att ett el-fel tros ha inträffat i samband med dykningen, vilket därmed har resulterat i förlorad kontroll över ubåten och omöjliggjort nödanrop.
Man uppger också att ubåten troligtvis sjönk ner till ett djup på mellan 600-700 meter, enligt AP.
Ubåten är byggd i Tyskland och har varit i bruk i Indonesien sedan 1981.
Den 53 man stora besättning ombord bestod av 49 sjömän, tre skyttar samt ett befäl.