Ja-sägarna vann med 51 procent, vilket motsvarar ungefär 5 000 rösters övervikt.
– Vi vann ingenting, vi förlorade bara inte, sade jägarförbundets ordförande Joe Percici Calascione till nyhetsbyrån AFP.
Nej-sidans kritik riktar sig mot att vaktel och turturduva jagas före fåglarnas häckningstid och befarar att det hotar arternas fortbestånd. De förekommer främst i Europas och Asiens varmare delar. Såväl vaktel som turturduva är sällsynta gäster i Sverige.
– De här fåglarna flyger två gånger över Sahara, två gånger över Medelhavet, bara för att dödas på sista sträckan när de förbereder sig för häckning, sade Mark Sultana, talesperson för nej-sidan, inför folkomröstningen.
Undantag i EU
Ett annat argument mot jakten är att jägarna bryter mot reglerna och skjuter fler fåglar än tillåtet.
Malta är det enda landet inom EU som tillåter jakt på turturduva och vaktel på våren. Det är möjligt genom ett EU-undantag som medger vårjakt under 20 dagar.
Jaktmotståndarna erkänner sig besegrade men lovar att fortsätta sin kamp för miljön.