Enligt det statligt ägda flygbolaget, South African Airways, ska zimbabwiska myndigheter under lördagen krävt ett särskilt ”tillstånd för utländska operatörer” för att få använda landets luftrum, rapporterar AP.
Något som företaget hävdar aldrig har behövts under de 20 år man trafikerat grannlandet.
Som en konsekvens har två flighter mellan Zimbabwes huvudstad Harare och den sydafrikanska staden Johannesburg hittills tvingats ställas in.
Restriktionerna följer anklagelse om misshandel
Restriktionerna kommer samtidigt som Sydafrikanska myndigheter överväger huruvida Zimbawes första dam, Grace Mugabe, ska tilldelas diplomatisk immunitet efter att ha anklagats för misshandel i landet.
LÄS MER: Grace Mugabe hävdar diplomatisk immunitet
Hustrun till Zimbabwes 93-årige president, Robert Mugabe, har anmälts för att ha slagit en 20-årig modell på ett lyxhotell i Johannesburg under söndagen.
Slog med en förlängningssladd
Den 20-åriga modellen, Gabriella Engels, hävdar att hon besökt två av Mugabes söner på ett hotell i Johannesburg när den misstänkta misshandeln ägde rum.
– Vi chillade i ett hotellrum, och de [sönerna] var i rummet intill. Hon kom in och började slå oss. Hon flippade och fortsatte att slå mig om och om igen, sa Engels till lokala medier efter händelsen, skriver The Guardian.
Enligt uppgift ska misshandeln ha skett med hjälp av en förlängningssladd. På sociala medier har bilder på Engels florerat där ett tydligt jack syns i pannan. Den 20-åriga modellen har själv skrivit på sociala medier att hon fått ytterligare skador i bakhuvet.
Potentiell diplomatisk kris
Ärendet har utvecklats till ett mycket känsligt ämne för Sydafrikas regering, som nu tvingas ta ställning till om Zimbabwes första dam, som ännu inte tillåtits lämna landet, ska tilldelas diplomatisk immunitet eller eventuellt ställas inför rätta.
De senare alternativet riskerar att kraftigt förvärra de diplomatiska förbindelserna med grannlandet Zimbabwe och det första alternativet skulle sannolikt väcka ilska hos befolkningen i Sydafrika, skriver nyhetsbyrån AP.
Under lördagen protesterade en grupp människor i Pretoria mot det zimbawiska presidentparet och krävde att Grace Mugabe ställs inför en domstol.
Dök inte upp i rättssalen
Enligt en säkerhetskälla i Sydafrika, som tidningen The Guardian refererar till, ska presidenthustrun ha underlåtit att dyka upp vid en domstol i Johannesburg under tisdagen. Det efter att hon fruktat att bli attackerad på platsen.
LÄS MER: Kvinnlig politisk veteran i Zimbabwe utmanar president Mugabe
Tidningen rapporterar vidare att källor uppgett att presidenthustrun kommer tilldelas immunitet. Det är dock inte officiellt bekräftat.
Oklart varför hon befann sig i landet
Det är fortfarande inte klarlagt om presidenthustrun reste in i landet med ett diplomatiskt eller ett personligt pass, skriver AP. Enligt zimbabwisk statskontrollerad media ska Grace Mugabe ha rest till Sydafrika för att få medicinsk behandling.
Hon ska dock själv ha uppgett till polisen att hon befinner sig i landet för att delta på ett politiskt toppmöte för den afrikanska samarbetsorganisationen SADC som pågår i Sydafrika just nu.