49-åriga Ahlquist, som har tre Paralympicsmedaljer, var chanslös och förlorade med klara 11-4,11-9,11-9. Hon kom till Tokyo som ett stort medaljhopp. En seger i kvarten hade säkrat en medalj eftersom det inte spelas någon bronsmatch.
Ahlquist hade inga vapen att ta till mot slovakiskan som var tät och inte släppte någonting, hittade hela tiden otagbara vinklar.
Fyra svenskar utslagna på ett par timmar
Ahlquist fullbordade en sällsynt tung svenskdag i pingishagen, där alla fyra svenskar som var uppe i åttondel eller kvartsfinal förlorade sina matcher.
– Det är otroligt smärtsamt och fyra tunga förluster för Sverige. Nu måste vi ladda om för lagspelet, säger Ahlquist iförd munskydd med tårar i ögonen.
– Det är jättetungt och jag behöver tid att smälta det här, säger hon besviket.
På söndag inleds lagtävlingen där Ahlquist spelar med Ingela Lundbäck.