Armstrong meddelade under onsdagen en vecka efter att Usada släppt sin rapport med bevis att han dopat sig att han avgår.
–Den här organisationen ligger mig varmt om hjärtat och för att de ska slippa all negativ publicitet runt min tävlingskarriär så avgår jag, skriver Armstrong i ett pressmeddelande.
Armstrong kommer dock vara kvar som styrelsemedlem.
Lance Armstrong Foundation, mest känd som Livestrong bildades 1997 och har samlat in runt 3,5 miljarder kronor för att stödja kampen mot cancer.
I dag meddelade även Nike att de avslutar samarbetet med Armstrong.
–På grund av de oövervinnerliga bevisen mot Lance Armstrong och att han vilseledde Nike i mer än ett decennium, tvingas vi bryta kontraktet med honom, skriver Nike i ett pressmeddelande.