Tiotusentals fans hyllade legendaren med sång när kistan placerades på mittplan av Befinca-stadion Estadio da Luz, Eusebios hemmaarena under lång tid.
Personer gick ut från kontor och caféer och ställde sig och applåderade i regnet när kistan åkte förbi i en vagn eskorterad av polismotorcykel.
Han blev sedan begravd i en kyrka alldeles nära Estadio da Luz. En staty av honom har förvandlats till en kultplats där fansen lagt halsdukar och andra minnessaker. Det var för övrigt på samma stadion som Portugal mötte Sverige i VM-playoffen.
Eusebio, som blev 71 år, föddes under fattiga omständigheter i Maputo i den förra portugisiska kolonin Mocambique innan karriären inom fotbollen gav honom världsrykte.
Tre dagars landssorg
Den portugisiska regeringen har proklamerat tre dagars landssorg och den ceremoni på tisdag där Cristiano Ronaldo skulle få motta landets högsta utmärkelse ur presidentens hand har flyttats till senare i månaden.
– Portugal har mist en av sina mest älskade söner, Eusebio da Silva Ferreira. Landet sörjer hans död, säger presidenten Anibal Cavaco Silva, enligt AFP.
På Old Trafford inför Manchester Uniteds möte med Swansea i FA-cupen fick Eusebio en stående applåd igår och den engelske världmästaren från 1966 Bobby Charlton sa: ”En av de bästa jag haft förmånen att möta”.