Den smittade har nu isolerats i en myndighetskontrollerad anläggning medan de andra åtta åkte vidare till sin bas i Osaka för fortsatta förberedelser.
Inför avresan hade samtliga medlemmar i den ugandiska truppen fått två doser vaccin från Astra Zeneca och testade negativt 72 timmar före avresan, skriver Reuters.
Sedan tidigare har arrangören förbjudit utländsk publik på mästerskapet. I morgon kommer det att beslutas om japaner ska få se tävlingarna på plats.
Kan bli allt från noll till 10000 på läktarna
Arrangören tittar på en lösning med upp till 10000 åskådare per arena medan hälsoexperter kopplade till regeringen har varnat för att släppa in åskådare överhuvudtaget.
Oavsett beslut på måndagen planerar arrangören för 20000 åskådare vid invigningen 23 juli. Spelen tjuvstartar med fotbollen 21 juli.
Den ugandiska truppen är den andra som landat i Tokyo. Redan den 1 juni kom Australiens kvinnliga softbollag till Japan för att förbereda sig.