Jönsson såg ut att gå mot guld, men i slutet av spurten pressade sig ryssen Nikita Krjukov förbi svensken.
Bronset gick till Kazakstan, som var knappt före Kanada över mållinjen.
I Norges frånvaro (storfavoriten slogs ut redan i kvalet sedan Pål Golberg klappat igenom) var det ett väl samlat fält i finalen. Hellner och Jönsson låg långt framme hela tiden och hade ett jätteläge att ta guld, men Krjukov, som även tog individuellt guld, var vassat.
– Direkt i mål är det dubbla känslor. Det hade varit kul att hålla undan, men jag är ändå sjukt glad att det blev medalj, säger Jönsson till SVT Sport.
Hellner var inte besviken på Jönsson efter spurtdramat.
– Nej, jag tycker att han gjorde det skitbra. Det var ingen missbedömning, säger Hellner.
Jönssons uppladdning inför VM har inte varit den allra bästa. Han har haft problem med knäet.
– Ska jag vara ärlig har jag haft ont i knäet sen Tour de Ski. Jag har kört fem skejtpass, så jag var jävligt orolig innan den här dagen, hur det skulle kännas, säger Jönsson till Expressen.
Skadan har dock inte hämmat själva åkningen, enligt Jönsson.