Världssexan Aaron McKibbin dominerade i de två avslutande seten och vann matchen med 3-2 (11-5,7-11,9-11,11-6,11-5) i bordtennisens klass 8, herrar stående.
När elfterankade Karlsson slog en backhand i nät var det över. Därmed fick britten en fin present på sin 30-årsdag.
– Linus gör lite för många egna misstag men vi visste på förhand att det skulle bli en tuff match, säger SVT Sports expert Fabian Rignell.
Strax efter Karlssons sorti försvann landslagskollegan Emil Andersson, även han mot en britt. Owen Wilson vann i klass 8 med med 11-4,13-11,15-13. I det tredje setet hade Andersson flera setbollar men britten kunde vinna
32 årige Karlsson, som gör sitt fjärde paralympiska spel, får nu ladda om till lagtävlingen som han ska spela med Emil Andersson. Den inleds på måndag och duon har ett silver från Rio de Janeiro 2016 att försvara.
– Nu får vi ladda om inför lagtävlingen, säger Karlsson.