Den större IBF/WBO/IBO-mästaren från Ukraina hade överlägsen räckvidd. Han arbetade metodiskt med sin jabb och Haye hade svårt att få in slag.
Britten var mer rörlig men hade svårt med balansen. Han vann rond 4 efter sina enda hårda träff, som slog upp ett jack under Klitsjkos vänstra öga.
I sista ronden kämpade Haye tappert men Klitsjko vann merpartern av ronderna i en välboxad match.
De tre domarna hade mellan två och fyra ronder till Haye.
Bruten stortå!
-Haye satsade hårt på att utmana mig och var bra. Jag vill tacka publiken här i Hamburg där min karriär inledds. jag vill också tacka de engelska fans som var här och bjöd på fin stämning. Jag är i bra form och tänker fortsätta en tid till, säger den 1,99 långe och 110 kg tunge Klitsjko.
Haye uppgav efter matchen och att lidit av problem med ett knä och en bruten stårtå!
-Men jag vill inte skylla ifrån mig, jag fick aldrig tag i Klitsjko, säger han.
När Klitsjko träffade honom hårt i tredje ronden sänkte Haye bara sin gard och skrattade hånfullt.
Klitsjko var helt oberörd och följde sin taktik matchen ut. Ingen av boxarna satsade på kroppsslag och det var två fräscha boxare som talade ut direkt efter matchen.
Klitsjko erövrade nu Hayes WBA-bälte och har tungviktstiteln i tre organisationer. I den fjärde är brodern Vitalij mästare.
Ingemar Jansson