Det uppger Fifa med hänvisning till en tweet från Keshi: ”Vänner, de har varit en bra resa och jag har njutit av varje stund. Det har varit en ära att leda The Super Eagles. Men nu är det dags att kliva av”.
Beskedet har ännu inte bekräftats av det nigerianska fotbollsförbundet.
Keshi var lagkapten i Nigeria under VM 1994 och har även jobbat som förbundskapten i Togo och Mali. I fjol ledde han Nigeria till segern i afrikanska mästerskapet.
Det finns uppgifter om att 52-åringen nu är på väg till Sydafrika.