Samtliga mål kom inom fem minuter i den andra halvleken för Frej som tog ett stort kliv närmare superettan.
Först var det Christophe Lallet, tidigare i Hammarby och Degerfors, som satte ledningsmålet i den 51:a minuten och två minuter senare ökade Sasa Pavlic på till 2-0. I den 56:e minuten sköt Pontus Silfver in 3-0.
– Vi är oerhört disciplinerade i 95 minuter, säger Frejs tränare Bartosz Grzelak till viasatsport.se.
Assyriska är det andra laget från superettan som försöker att försvara sin plats via kvalspel. Sotiris Papagiannopoulos sköt in ledningsmålet borta mot Örgryte innan George Mourad kvitterade. Matchen slutade 1-1.
Returmatcherna spelas på söndag.