Sundby, som gick ut 31,7 sekunder före Calle Halfvarsson på dagens 35 km långa jaktstart, gick i mål en knapp minut före etappens tvåa Petter Northug.
Halfvarsson gick i mål som fyra och gick miste om viktiga bonussekunder. Han tappar dessutom två placeringar och är fyra i sammandraget.
– Jag försökte hålla en hög, jämn fart. Jag chansade. Som tur var hade jag en bra dag, säger Johnsrud Sundby, som var totalt utpumpad direkt efter målgången.