Pogacar tog grepp om tävlingen tidigt och distanserade konkurrenterna kampen om att vinna totalt redan i premiären i Turin i lördags med att bli tvåa på etappen.
I söndags vann han den andra etappen och tog över den rosa ledatröjan. Under måndagens etapp körde Pogacar i ett par mörkrosa cykelbyxor, vilket inte uppskattades av juryn i det internationella cykelförbundet.
Slovenen hotades med diskning om han inte bytte till cykelbyxor av en annan färg. Pogacar hittade då ett par svarta som han bytte till.
– Jag vet egentligen inte så mycket. Arrangörerna gav oss den hudnära cykelbyxan som jag tog på mig men sedan fick vi ett samtal från UCI som sa att det inte är tillåtet, sade Pogacar till Eurosport innan gårdagens fjärde etapp.
Behåller ledningen i Girot
Arrangören pekar på valet färg på cykelbyxorna som ett sätt att hedra medlemmarna i Torinos fotbollslag där 31 personer omkom den 4 maj 1949 när deras plan körde in i Supergatoppen, som passerades under söndagens etapp där 75-årsminnet av katastrofen uppmärksammades.
– Nu har jag mina cykelbyxor men får inte använda min hudnära byxa, så jag kanske inte kan attackera idag eftersom jag inte är snabb, sade Pogacar som valde att se den skämtsamma sidan av saken.
Pogacar var en bit ner i klungan när Jonathan Milan spurtade hem gårdagens etapp. Slovenen behåller ledningen och många experter tror att han kommer att behålla den till avslutningen i Rom 26 maj.