Contador var 2.47 före Fabio Aru som ledde inför dagen efter att ha undvikit masskraschen drygt tre kom före målgång. Det betyder att Contador nu har ett rejält grepp om Girot och leder med 2.28 före Aru.
– Jag visste att jag kunde göra skillnad i dag, men jag hade inte förväntat mig att tidsskillnaderna skulle bli så stora, säger Contador.
Tidigt startande Tobias Ludvigsson, den ende svensken i årets upplaga av Giro d'Italia, avslutade urstarkt sista milen och noterades för en fin niondeplats.
Porte borta ur sammandraget
Sky-stallets försteman Richie Porte tog helt slut och är borta i totalen. Vitryssen Vasil Kiryienka, en av Portes hjälpryttare, vann etappen efter nervös väntan.
– Det var en lång väntan på Contador men det var en fantastisk dag trots regnet. Vi får fortsätta att köra för Richie Porte även om han är långt efter, säger Kiryienka om australiern som nu är nästan nio minuter efter totalt och verkar helt slutkörd.
I morgon väntar den hittills tuffaste etappen, den 15:e, då målgången kommer att ske i Ingemar Stenmarkförknippade alpina skidorten Madonna di Campiglio.
Målgång sker i Milano 31 maj.