Nederländaren Tom Dumoulin, som vann Giro d'Italia 2017 och som låg femma inför den fjärde etappen, förlorade mer än fyra minuter på kraschen.
– Det är över för mig när det gäller totalen, säger Dumoulin enligt AFP.
Dumoulin fick ett knä röntgat efteråt.
– Det är ingen fraktur, vilket är bra, men knät är väldigt svullet, säger han.
Tobias Ludvigsson kraschade också
Den ende svensken i loppet, Tobias Ludvigsson, blev också inblandad i masskraschen och kom i mål knappt 9.30 minuter efter segraren Richard Carapaz, Ecuador. Ludvigsson är 112:a totalt, 10.39 efter ledande Primoz Roglic, Slovenien.
Roglic behåller den rosa ledartröjan efter en sjätteplats i den 235 kilometer långa etappen.