Det var med runt fem kilometer kvar uppför mytomspunna Alpe d'Huez som Nibali åkte i backen efter att ha hakat livliga fans. Nibali fick en fraktur på en ryggkota i fallet, men lyckades ändå slutföra etappen, blott tretton sekunder efter etappvinnaren Geraint Thomas.
Nibali ville inte lägga skulden på någon efter vurpan.
– Vägen smalnade av, det var inga barriärer mot publiken och det var två polismotrcyklar. När Froome accelererade följde jag med honom och det kändes bra. Sedan saktade allt ner och jag gick omkull. Jag vet inte ens själv vad som hände, säger han till Cyclingnews.
Nibali vann Tour de France 2014 och tillhörde förhandsfavoriterna även i år. Nibali är den tredje förhandsfavoriten som bryter efter Richie Porte och Rigoberto Urán.