Det var i endagsloppet Dwars door Vlaanderen hemma i Belgien i slutet av mars som van Aert krachade hårt och bröt nyckelbenet och flera revben.
– Jag är verkligen besviken över att missa mitt andra stora mål för säsongen men i detta ögonblick måste jag prioritera min hälsa och jag måste ge min kropp tid att återhämta sig, säger han i en video som han lagt ut.
Giro d'Italia inleds med första etappen i Venaria Reale med målgång i Turin 4 maj. Det avslutas i Rom 26 maj. Nästa stora mål för belgaren är OS i Paris.
Stallkamrat med skadade Vingegaard
Han kan inte träna alls för tillfället. van Aert är stallkamrat i Visma med Jonas Vingegaard som kraschade svårt i Baskien runt med flera dagar på sjukhus efter flera frakturer och en punkterad lunga.
Det är ett stort frågetecken kring om dansken kan försöka försvara sina dubbla titlar i Tour de France med start 29 juni.
29-årige van Aert tog OS-silver i landsvägsloppet i Tokyo 2021. Han har dessutom fyra VM-silver, två i landsväg och två i tempo på meritlistan.
OS i Paris invigs 26 juli.