Hammarby hade tunga minuter i slutet av den första halvleken.
Richard Magyar tvingades bryta matchen efter en kollision, David Fällman hoppade in.
– Skenbenet. Att tappa honom hade betytt mycket. Han är en ledare även om vi har Fenger och Fällman, två bra allsvenska mittbackar, säger Hammarbys tränare Stefan Billborn till SVT Sport.
Några minuter senare tryckte Rasmus Alm in 1-0 till Elfsborg från nära håll.
Två snabba mål av Bajen
I andra halvlek vände Hammarby – laget gjorde två mål inom fem minuter.
Paulinho ordnade 1-1 i den 66:e minuten och i den 70:e minuten tryckte Alexander Kacaniklic in 2-1 till Bajen.
Då såg Hammarby ut att gå mot tre poäng.
Men Boråsklubben fick sista ordet på onsdagskvällen. Elfsborg räddade en poäng med ett självmål som gav 2-2.
– Jag hade varit besviken även om vi hade vunnit för det var väldigt hafsigt från vår sida, säger Billborn.
Både Elfsborg och Bajen står på fyra poäng efter två matcher.