1-0-målet kom efter en halvtimme då Juventusmålvakten Wojciech Szczesny släppte en retur som Aleksej Miranchuk förvaltade.
På slutet pressade Juventus på och efter flera vassa chanser sköt Paulo Dybala in bollen i krysset från straffområdesgränsen.
Strax efter visade Juventus sin styrka och Dybala sin briljans då han var på rätt plats för att sätta in returen på Alex Sandros skott.
Nu är Juventus på samma poäng som Atletico Madrid, men etta tack vare en bättre målskillnad. Man har fortfarande inte förlorat någon match den här säsongen.
– Vi skickade den vanliga signalen och det är att det här Juventus inte är ett lag utan rutin eller talang, säger Dybala.
UEFA Champions League
Juventus
2 - 1
Lokomotiv Moskva
Alla kvällens Champions League-matcher
Grupp A:
Club Brügge-PSG 0-5
Galatasaray-Real Madrid 0-1
Grupp B:
Olympiakos-Bayern München 2-3
Tottenham-Röda Stjärnan 5-0
Grupp C:
Shakhtar Donetsk-Dinamo Zagreb 2-2
Manchester City-Atalanta 5-1
Grupp D:
Atletico Madrid-Bayer Leverkusen 1-0
Juventus-Lokomotiv Moskva 2-1