Emir Kujovic nickade in 1-0 efter en halvtimme. Haris Radetinac serverade inlägget.
I slutet av första halvlek utökade Fredrik Ulvestad från straffpunkten.
Reducerade tidigt i andra halvlek
Varberg Bois jagade mål i andra halvlek.
I den 54:e minuten fick Jon Birkfeldt in en reducering för Varberg. Sedan jagade laget en kvittering.
Djurgården lyckades hålla undan och ta tre nya poäng. Det betyder att Dif har tre raka vinster och är på tredje plats i allsvenskan.
– Skönt med tre poäng, säger Dif:s Jesper Nyholm till Dplay.
– Starkt att komma in med 2-0 i halvtid. De får 2-1 och då börjar matchen leva igen.