Drönaren hovrade över St Mary's Stadium medan spelarna sökte sig till omklädningsrummet, detta på uppmaning av polis och säkerhetspersonal.
De blev kvar ungefär sju minuter innan arenan bedömdes säkrad och spelet kunde återupptas. Aston Villa kunde då slå sin frispark vid ställningen 0-0.
Villa vann med 1-0 efter att Ollie Watkins nickat in frisparken slagen av Douglas Luiz en kvart från slutet. Villas tränare Unai Emery grinade illa före frisparken men kunde le åt det lyckade resultatet efter VAR-granskning. Var drönaren då befann sig är oklart.
Skämten haglade på Twitter
Skämten började hagla in på Twitter. ”Drönaren skickades in för att rädda Southampton”, var ett av dem där de flesta hånhyllade det taktiskt defensiva draget som gynnade Southampton.
Villafansen sjöng i riktning mot drönaren: ”Du har bara kommit för att se Villa!”
En liknande incident inträffade för ett år sedan när Premier League-mötet mellan Brentford och Wolverhampton pausades i 20 minuter efter att en drönare kom in över planen.