34-åringen spelar tillvardags i Manchester City och opererade sin hälsena i februari.
Hon missade därmed hela vårsäsongen men hade ändå förhoppningar på att återhämta sig och bli uttagen till sommarens EM-slutspel på hemmaplan.
Men så blir alltså inte fallet.
Houghton har spelat 121 landskamper för England, varit med under fem mästerskap och varit lagkapten. Hon var med Englands preliminära trupp på 28 spelare men fick inte plats när den slutgiltliga truppen på 23 spelare tog ut.
– Det är svårt att göra den sista uttagningen för vi vet vilken talang varje spelare har och hur mycket engagemang de lägger ner, säger förbundskaptenen Sarina Wiegman.
En spelare som dock är med i Wiegmans trupp är Jill Scott. Scott har gjort näst flest landskamper för England, 156 matcher för att vara exakt.
England spelar alltså EM på hemmaplan och man sparkar i gång mästerskapet med premiärmatchen mot Österrike på ett utsålt Old Trafford den 6 juli.
Se hela truppen i faktarutan nedan!
KLIPP: Två debutanter i EM-truppen: ”Stor konkurrens” (7 juni)
Englands EM-trupp
Målvakter:
Mary Earps, Manchester United
Hannah Hampton, Aston Villa
Ellie Roebuck, Manchester City
Försvarare:
Millie Bright, Chelsea
Lucy Bronze, Manchester City
Jess Carter, Chelsea
Rachel Daly, Houston
Alex Greenwood, Manchester City
Demi Stokes, Manchester City
Lotte Wubben-Moy, Arsenal
Mittfältare:
Fran Kirby, Chelsea
Jill Scott, Klubblös (Lämnade Manchester City efter säsongen)
Georgia Stanway, Manchester City
Ella Toone, Manchester United
Keira Walsh, Manchester City
Leah Williamson, Arsenal
Anfallare:
Bethany England, Chelsea
Lauren Hemp, Manchester City
Chloe Kelly, Manchester City
Beth Mead, Arsenal
Nikita Parris, Arsenal
Alessia Russo, Manchester United
Ellen White, Manchester City