Noel Le Graet, 81, har anklagats för sexuella trakasserier och för en knapp vecka sedan avgick han från sin roll som ordförande. Vice ordförande Philippe Diallo tog då över.
Nu har en utredning inletts mot Le Graet, som har suttit på posten sedan 2011.
Ordföranden har tidigare nekat till anklagelserna och har ännu inte kommenterat utredningen.
Har kritiserats för Zidane-uttalande
Le Graet har också kritiserats för att ha pratat respektlöst om legendaren Zinedine ZIdane som ryktades vara aktuell som tränare för Brasiliens landslag.
– Zidane till Brasilien? Kunde inte bry mig mindre! Han kan gå var som helst, till ett klubblag eller ett landslag, jag bryr mig inte. Om han har försökt ringa mig? Absolut inte. Jag hade inte ens svarat i så fall, sade Le Graet då.
Då reagerade den nuvarande storstjärnan Kylian Mbappé.
”Zidane ÄR Frankrike. Man visar inte bristande respekt till en legendar som honom”, skrev han på Twitter.
KLIPP: Vad handlar bråket om Zidane om?