Den 26-åriga anfallaren har dragits med en envis korsbandsskada sedan början av 2020 och gjorde comeback i oktober mot Häcken i Champions League.
I ligamatchen hemma mot PSG kom också de första målen. Hegerberg byttes in i den 74:e minuten i ledning 4–0. Åtta minuter senare hade hon skrivit in sig i målprotokollet två gånger om.
Strax före Hegerbergs dubbla fullträffar gjorde Amanda Ilestedt ett tröstmål för sitt PSG.
Det franska toppmötet har annars föregåtts av en stor skandal i PSG. Mittfältaren Kheira Hamraoui utsattes nyligen för en attack när två maskerade män drog henne ur en bil och misshandlade henne.
Lagkamraten Aminata Diallo greps i samband med dådet, men har sedan släppts efter förhör.
– Jag är fortfarande golvad av den här händelsen. Inte ens bland herrarna har vi sett något liknande. Det är såklart negativt för damfotbollen, sade Lyons tränare, Sonia Bompastor, om händelsen.
Lyon toppar tabellen med åtta segrar på lika många matcher. PSG däremot åkte på sin första förlust i ligan efter sju raka vinster, och ligger tvåa.