Målen gjordes av Serdar Azmoun och Mehdi Taremi och därmed blev Iran det tredje landet som är klara för VM i Ryssland 2018.
Sedan tidigare är värdnationen Ryssland och Brasilien kvalificerade.
Av åtta spelade matcher har Iran vunnit sex och spelat två oavgjorda. De leder därmed gruppen med sju poäng före Sydkorea.
Historisk bragd
Det är första gången i landets historia som de kvalificerar sig för två raka VM-slutspel. Laget tränas av portugisen Carlos Queiroz som tidigare har lett Real Madrid och varit assisterande tränare i Manchester United.
Flest mål i kvalet har Azmoun, som till vardags spelar i ryska Rostov, gjort. Han har stått för nio fullträffar.