Sandhausen tog ledningen med 2-0 efter mål av Julius Biada och Gerrit Nauber. I den 58:e minuten fick sedan svensken bollen strax utanför straffområdet och sköt in reduceringen vid målvaktens högra stolpe.
Fyra minuter senare byttes Guidetti ut.
Med under tio minuter kvar drygade Philip Turpitz ut ledningen till 3-1 för hemmalaget Sandhausen.
Målet var Guidettis första sedan omstarten av 2. Bundesliga och andra på åtta matcher sedan han lånades ut till Hannover från sin spanska klubb Alaves.
I och med förlusten passerades Hannover av just Sandhausen och är nu elva i 2. Bundesliga.
Matchen spelades av förklarliga skäl utan publik.