I den andra halvleken gick Kane in en närkamp med Fabian Delph och vred till foten i en onaturlig vinkel mitt framför ögonen på tränaren Mauricio Pochettino som riktade sin ilska mot Man City-spelaren.
– Han var så aggressiv mot Harry, säger Pochettino.
Kane kunde inte stödja på vänsterfoten utan fick stödd på två ledare hoppa ut på sin högerfot. Efteråt fick han använda kryckor. Den engelske landslagsspelaren var tidigare under året borta i nästan två månader för samma typ av skada.
– Det är väldigt, väldigt sorgligt. Vi kommer sakna honom för kanske resten av säsongen, säger Pochettino enligt flera medier.
Kane kommer att undersökas under dagen med magnetkamera.
– Det ser ut att vara samma skada. Vi hoppas att det inte är en stor grej men det finns inte mycket tid för läkning, säger Pochettino.
På lördag möter Tottenham redan nedflyttade Huddersfield i ligan i London och nästa vecka är det returmöte i Champions League mot Man City.