Laget kommer att få spela sina två kommande matcher inför tomma läktare och förbundet tvingas betala böter på 60 000 schweiziska francs, cirka 560 000 svenska kronor.
En separat utredning gällande homofobiska ramsor under en träningsmatch mot Island i maj har också påbörjats.
Det är inte första gången som FMF straffas för sådant beteende. Både under kvalet till VM 2018 samt under mästerskapet i Ryssland bötfälldes förbundet sedan supportrarna även där gjort sig skyldiga till att skandera homofobiska sånger och ord.