Mittfältsstjärnan Aouar missade Lyons ligapremiär mot Dijon på fredagen sedan klubben, kort före avspark, meddelat att han smittats.
Spelaren är symptomfri men kan återvända till laget först om tio till femton dagar, beroende på resultaten av vidare test.
Frankrikes förbundskapten Didier Deschamps ersätter Aouar med Real Betis Nabil Fekir.
Manchester Uniteds Paul Pogba och Tottenhams Tanguy Ndombélé har också testats positivt för coronaviruset och finns inte med i världsmästarnas trupp.
Efter Frankrike ställs Sverige mot Portugal den 8 september, båda matcherna spelas på Friends arena utan publik.
KLIPP: Janne Andersson om Frankrike och Portugal (26 augusti 2020)