Sembrant höll sig framme redan i den sjätte minuten.
En välslagen hörna letade sig perfekt fram till den svenska mittbacken som distinkt nickade in bollen i nät.
Målet betydde 1–0 för Bayern München och det var Sembrants första mål sedan hon anslöt från Juventus i vintras.
13 minuter senare utökade Lea Schüller ledningen.
Med Magdalena Eriksson på skadelistan har Linda Sembrant snabbt fått förtroende i den tyska storklubben. Hon spelade hela förra ligamatchen mot Hoffenheim och fick på nytt förtroende från start mot Freiburg.
Bayern München vann med 4–0 och toppar den tyska högstaligan.